เดิมเขตหนองจอกมีฐานะเป็น อำเภอหนองจอก ได้รับการจัดตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2440 ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ผู้ที่มาตั้งถิ่นฐานพวกแรก ๆ เป็นชาวไทยมุสลิมที่อพยพมาจากหัวเมืองภาคใต้ โดยตั้งชุมชนตามแนวคลองแสนแสบซึ่งได้มีการขุดลอกขยายคลองในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว และอีก 5 ปีต่อมา อำเภอหนองจอกก็ได้มาขึ้นอยู่กับจังหวัดมีนบุรีซึ่งเป็นจังหวัดที่ตั้งขึ้นใหม่ในมณฑลกรุงเทพ
     ต่อมา เนื่องจากสภาวะวิกฤตเศรษฐกิจในช่วงหลังสงครามโลกครั้งที่ 1 ในปี พ.ศ. 2474 จังหวัดมีนบุรีได้ถูกยุบลงเป็นส่วนหนึ่งของจังหวัดพระนคร ส่วนอำเภอหนองจอกถูกโอนไปขึ้นกับจังหวัดฉะเชิงเทรา แต่ในปีถัดมาก็ได้ย้ายมาเป็นเขตปกครองในจังหวัดพระนคร เนื่องจากความไม่สะดวกในการเดินทางและการติดต่อระหว่างกัน ซึ่งอำเภอหนองจอกก็ได้เปลี่ยนแปลงฐานะเป็น เขตหนองจอก เมื่อมีการรวมจังหวัดพระนครกับจังหวัดธนบุรีเข้าด้วยกันเป็นกรุงเทพมหานครในปี พ.ศ. 2515

• ทิศเหนือ ติดต่อกับอำเภอลำลูกกา (จังหวัดปทุมธานี) มีแนวแบ่งเขตการปกครองระหว่างกรุงเทพมหานครกับจังหวัดปทุมธานีเป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศตะวันออก ติดต่อกับอำเภอบางน้ำเปรี้ยวและอำเภอเมืองฉะเชิงเทรา (จังหวัดฉะเชิงเทรา) มีคลองสิบสี่ คลองแสนแสบ คลองนครเนื่องเขต และคลองหลวงแพ่ง เป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศใต้ ติดต่อกับเขตลาดกระบัง มีคลองลำตาอิน คลองกระทุ่มล้ม คลองพะอง และคลองกอไผ่ เป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศตะวันตก ติดต่อกับเขตมีนบุรีและเขตคลองสามวา มีลำนกแขวก ลำต้นไทร ลำหิน คลองแสนแสบ คลองตาเตี้ย ลำแยกแบนชะโด และคลองเก้า เป็นเส้นแบ่งเขต